[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي درباره نشريه آخرين شماره تمام شماره‌ها جستجو ثبت نام ارسال مقاله تماس با ما ::
:: دوره 19، شماره 6 - ( بهمن و اسفند 1396 ) ::
دوره 19 شماره 6 صفحات 1-12 برگشت به فهرست نسخه ها
طراحی بیوانفورماتیکی دئوکسی ‌ریبوزایم 23-10 علیه ناحیه غیر ترجمه شونده قبل از کدون آغاز ژن بتاگالاکتوزیداز (lacZ) در ناقل pGEM-T
ساناز صادقی، ابوالقاسم اسماعیلی* ، فاطمه جوادی زرنقی
گروه زیست شناسی، دانشگاه اصفهان ، aesmaeili@sci.ui.ac.ir
چکیده:   (1097 مشاهده)

زمینه و هدف: دئوکسی‌ ریبوزایم‌ها الیگودئوکسی‌ ریبونوکلئوتیدهایی هستند که کاتالیز واکنش‌هایی مثل برش RNA را انجام می‌دهند و کاربردهای تشخیصی و درمانی دارند. دئوکسی‌ریبوزایم 23-10 شامل یک دومین کاتالیتیک وابسته به کاتیون 15 نوکلئوتیدی ثابت و دو بازوی متصل شونده متغیر است که باعث اختصاصیت آنزیم می‌شوند. اپران لاکتوز در فرایند غربالگری سفید- آبی کاربرد دارد، این اپران شامل 3 ژن به ‌صورت پلی سیسترونیک است. در این تحقیق بیوانفورماتیکی دئوکسی‌ ریبوزایمی علیه ژن آلفا پپتید بتاگالاکتوزیداز در اپران لاکتوز طراحی شد.
روش بررسی: نقشه ژنی پلاسمید pGEM-T از سرور addgene گرفته و توالی ژن آلفا پپتید مشخص شد. سپس با مقایسه توالی پروتئینی با قالب‌های خوانشی مختلف منتج از سایت expasy، قالب خوانشی صحیح انتخاب گردید. در این مرحله، کل توالی مکمل معکوس شد تا توالی mRNA به ‌دست آید. ساختار ثانویه با کمترین انرژی آزاد از سرور mfold گرفته شد و یک ناحیه فاقد ممانعت فضایی در آن پیدا شد. با توجه به اینکه دئوکسی‌ریبوزایم 23-10 قابلیت برش بین یک پورین جفت نشده و یک پیریمیدین جفت شده را دارد؛ یک AC در جایگاه اتصال ریبوزوم در ناحیه غیر ترجمه شونده انتخاب شد و ۹ باز در طرفین آن، به‌عنوان بازوهای متصل شونده در نظر گرفته شد. بررسی عدم وجود توالی مشابه در باکتری میزبان توسط سرور NCBI انجام شد. درنهایت فعالیت و اتصال دئوکسی‌ریبوزایم توسط سرور mfold پیش‌بینی شد.
یافته ها: نتایج این تحقیق نشان داد که دئوکسی ریبوزایم طراحی شده دارای Tm نسبتاً بالا با دو بازوی هم اندازه 9 نوکلئوتیدی است که کارایی آن را افزایش می دهد.
نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از این پژوهش می‌تواند برای کنترل بیان ژن lacZ به‌عنوان یک نشانگر زیستی مورد استفاده قرار گیرد.

واژه‌های کلیدی: دئوکسی‌ریبوزایم، جایگاه اتصال ریبوزوم، ساختار ثانویه، دمای اتصال، پلاسمید pGEM-T.
متن کامل [PDF 1350 kb]   (234 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله کوتاه | موضوع مقاله: ژنتیک
دریافت: ۱۳۹۵/۷/۱۹ | پذیرش: ۱۳۹۵/۱۰/۱۹ | انتشار: ۱۳۹۶/۱۱/۱۳
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA code


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Sadeghi S, Esmaeili A, Javadi Zarnaghi F. Bioinformatics designing of 10-23 deoxyribozyme against noncoding region before start codon of beta-galactosidase gene (lacZ) in pGEM-T vector . J Shahrekord Univ Med Sci. 2018; 19 (6) :1-12
URL: http://journal.skums.ac.ir/article-1-3123-fa.html

صادقی ساناز، اسماعیلی ابوالقاسم، جوادی زرنقی فاطمه. طراحی بیوانفورماتیکی دئوکسی ‌ریبوزایم 23-10 علیه ناحیه غیر ترجمه شونده قبل از کدون آغاز ژن بتاگالاکتوزیداز (lacZ) در ناقل pGEM-T. مجله دانشگاه علوم پزشکی شهركرد. 1396; 19 (6) :1-12

URL: http://journal.skums.ac.ir/article-1-3123-fa.html



دوره 19، شماره 6 - ( بهمن و اسفند 1396 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد Journal of Shahrekord University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 3781